LDSC环境调试笔记|程序卡死无响应解决方法

1.进入根目录

cd /

2.下载LDSC

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git

3.下载依赖环境

cd /ldsc

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

4.安装Anaconda

chmod +x Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

./Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh

注：安装完成后输入conda命令查看是否能使用，如果无法使用需要进行添加变量

添加变量方式：

vim ~/.bashrc

在最后添加export PATH=$PATH:/root/anaconda3/bin，注意这里的路径要和安装时的路径保持一致

使用变量生效

source ~/.bashrc

5.更新Anaconda国内加速，否则下载速度特别慢

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --set show_channel_urls yes

conda config --show channels

6.创建ldsc依赖

source activate ldsc

conda env create --file environment.yml

7.常见问题

有时数据量较大时程序会卡死，无响应状态，可以尝试在选项中加上--chunksize 500000参数以解决此问题
例：

./munge_sumstats.py --sumstats UKBB.allergy.assoc  --N 102453 --out asthma --merge-alleles w_hm3.snplist --chunksize 500000

--chunksize 500000参数是分段分批读取，会增加大文件的可读性提高运行能力。